Ini merupakan musim ketiga dalam siri BoBoiBoy. Musim ini dipenuhi dengan lebih banyak aksi dan komedi. Musim ini juga lebih difokuskan kepada pengembaraan yang BoBoiBoy dan kawan-kawannya hadapi di Pulau Rintis. Ia dimulakan dengan pertarungan BoBoiBoy dan Ejo Jo, yang mana merupakan sambungan dari Musim 2, Episod 13.
Ini merupakan satu-satunya musim yang menggunakan kad tajuk dalam episod-episod (Episod 6 sehingga 26).
Dalam 1 Januari 2015, jumlah episod dalam musim ini dipanjangkan dari 18 episod ke 26 episod.
Tidak seperti musim sebelumnya, terdapat beberapa perubahan pada penampilan BoBoiBoy, Yaya, Ying, Gopal dan Fang. Fang tampil dengan tidak berjaket dalam musim ini.
Daripada rancangan asal, episod-episod sepatutnya disiarkan dalam empat bulan yang berlainan (lima episod pada bulan Januari, empat episod pada bulan Jun, empat episod pada bulan September dan lima episod pada bulan Disember serta lapan episod lagi secara rawak). Walau bagaimanapun, disebabkan oleh banyak ketangguhan yang berlaku antara bulan Jun hingga Disember 2014 dan April sehingga Jun 2015, episod-episod tersebut diterbitkan pada:
