Extended Finale merupakan ulang tayang dari Musim 1, Episod 13 siri BoBoiBoy yang disiarkan di TV3 pada 1 Januari 2012.
Plot
Babak-babak yang berikut dipertontonkan pada ulang tayang 1 Januari 2012, selepas babak terakhir dalam tayangan pertama.

Gopal tak sanggup berpisah dengan BoBoiBoy.
Tiga hari selepas peristiwa Mukalakus, BoBoiBoy siap berkemas dan dihantar ke stesen keretapi oleh Tok Aba pada waktu senja. Tok Aba memesan BoBoiBoy supaya menelefonnya selepas sampai di rumah. Ochobot merayu kepada BoBoiBoy supaya membawanya pulang, tetapi BoBoiBoy memesan kawan robotnya supaya kekal di Pulau Rintis untuk menolong Tok Aba. Kelibat keretapi sudah kelihatan di atas landasan tidak jauh dari stesen, jadi Tok Aba mengambil kesempatan untuk memeluk BoBoiBoy sambil berpesan kepadanya supaya tidak melupai datuknya yang tersayang, dan dibalas dengan jaminan cucunya bahawa Tok Aba "atuk yang terbaik". Gopal, Yaya dan Ying berlari masuk ke stesen dengan mengejut, terutamanya Gopal yang menangis terngongoi sambil memeluk BoBoiBoy kerana tidak sanggup berpisah lama dengan "kawan baik terbaiknya". Tok Aba memesan Gopal, BoBoiBoy akan kembali pada cuti akan datang. Yaya memujuk BoBoiBoy supaya menerima sebungkus biskut yang dibuatnya untuk dimakan dalam keretapi; BoBoiBoy menerima dengan berat hati.

BoBoiBoy bersalam dengan Tok Aba dan kawan-kawan buat kali terakhir.
Keretapi Yong Pin Aerotrain sudah pun tiba, sudah tiba masanya untuk BoBoiBoy melangkah masuk. Sebelum itu, Ying mengingatkan BoBoiBoy supaya tidak melupai kawan-kawannya di Pulau Rintis. Pengumuman berkumandang di stesen, tiba-tiba disampuk oleh Gopal yang melihat dasar keretapi di atas gerabak sambil berujar bahawa tayar keretapi pancit. Suara pengumuman itu membetulkan Gopal bahawa keretapi itu tidak lagi bertayar, sebaliknya menggunakan maglev, jadi Gopal kembali sebak. Dengan itu, BoBoiBoy bertukar salam dengan Tok Aba, menaiki keretapi dan berjempol kepada kawan-kawannya buat kali terakhir. Terdapat juga seorang watak yang tidak diketahui, turun daripada keretapi sewaktu BoBoiBoy hendak menaiki keretapi. Gopal masih menangis dengan berlebih-lebih, jadi Tok Aba memesannya dengan lebih geram, sambil menaiki keretapi tanpa sedar. Nasib baik Ochobot memesan majikannya supaya turun cepat. Pintu menutup, dan keretapi pun berlepas; kawan-kawan BoBoiBoy di platform tidak habis melambai-lambai ke arah keretapi dan dibalas dengan tangan berjempol BoBoiBoy yang dihulurkan dari tingkap.

Adu Du dan Probe membina markas baru di bawah tanah.
Sementara itu, di tempat longgokan sampah, Adu Du yang kalah teruk dalam pertarungan lepas dan kehilangan kapal angkasa dan Robot Pemusnah Mukalakus menengking ke arah langit yang mendung untuk mengugut BoBoiBoy. Probe memesan majikannya supaya cepat berteduh di dalam kotak yang dijadikan "markas" sebelum hujan.
Enam bulan kemudian, kelas bermula di Sekolah Rendah Pulau Rintis. Yaya, Ying dan Gopal sama bilik darjah. Murid-murid dimaklumkan oleh guru mereka bahawa datangnya seorang pelajar baru untuk menyertai kelas mereka. Rupa-rupanya pelajar baru itu BoBoiBoy, maka Yaya, Ying dan Gopal tumpang gembira menyambut kedatangannya.
Kedua-dua versi berakhir dengan ucapan terima kasih oleh watak-watak BoBoiBoy kepada para penonton kerana menyokong siri animasi ini, dan juga Probe yang berpesan semoga jumpa lagi pada musim hadapan.
Trivia
- Sejak pertunjukan akhir yang dilanjutkan, semua ulangan Musim 1, Episod 13 akan menunjukkan akhir ini sebagai akhir episod.
- Budak Misteri yang muncul keluar dari keretapi adalah Fang, dia muncul pada musim depan sebagai pesaing BoBoiBoy.
- Ini kali kedua Ying bercakap "Xiexie" atau "Terima kasih" dalam bahasa Mandarin (Selamat Hari Wesak 2011).
- Soundtrack dalam episod ini adalah Selamat Tinggal BoBoiBoy.